Las Comisiones Nacionales Permanentes (CNPs) son las instancias encargadas de aplicar las disposiciones del Tratado de Cooperación Amazónica, en cada uno de los países miembros, así como de  ejecutar las decisiones adoptadas por las reuniones de los Ministros de Relaciones Exteriores y por el Consejo de Cooperación Amazónica, sin perjuicio de otras actividades que les encomiende cada Estado (Artículo XXIII del TCA).

Las CNPs han sido establecidas en la mayoría de los países del Tratado, estando adaptadas sus estructuras organizativas a las realidades político-administrativas de cada Estado. Sus coordinadores o presidentes son diplomáticos de alto nivel dentro de los Ministerios de Relaciones Exteriores, generalmente los Directores Generales en el área donde se adscribe el tema amazónico. 

Generalmente, las CNPs están conformadas por los organismos nacionales o puntos focales de cada una de las Comisiones Especiales a las que se hace referencia en el Reglamento de la SPT  del Tratado de Cooperación Amazónica. Hasta el momento se han creado siete Comisiones Especiales: Ciencia y Tecnología, Medio Ambiente, Salud, Turismo, Transporte, Comunicaciones e Infraestructura, Educación y Asuntos Indígenas. 

Entre las principales funciones de las CNPs podemos mencionar las siguientes: 

· La aplicación de las disposiciones del Tratado en sus respectivos territorios.

· La ejecución de las decisiones y acuerdos adoptados en las Reuniones de Ministros y del Consejo de Cooperación Amazónica.

· Asesorar, concertar y coordinar políticas orientadas al desarrollo sostenible de las respectivas regiones amazónicas.

· Proponer medidas y acciones de política interna y externa referidas al tema.

· Velar por la buena marcha de los planes, programas y proyectos del Tratado.

· Identificar los puntos focales de las diferentes Comisiones Especiales Nacionales y coordinar con ellos las acciones correspondientes.  

Las Comisiones Nacionales Permanentes han recibido cooperación financiera internacional con el propósito de ayudar a su consolidación y a su fortalecimiento. En este sentido, vale la pena mencionar al "Programa de Apoyo a la Zonificación de la Amazonia", financiado por el Banco Interamericano de Desarrollo, el cual se comenzó a ejecutar en marzo de 1996 y concluyó en diciembre de 1998. Igualmente la FAO, dando continuidad a este Programa ofreció asistencia técnica a las CNPs durante 4 meses en el año de 1999.